[ Ana Sayfa | Editörler | Danışma Kurulu | Dergi Hakkında | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | E-Posta ]
Fırat University Medical Journal of Health Sciences
2020, Cilt 34, Sayı 2, Sayfa(lar) 123-129
[ English ] [ Tam Metin ] [ PDF ]
Hepatoselüler Kansere Özgü Yeni Prognostik Biyobelirteç Adaylarının Biyoenformatik Veri Analizleriyle Belirlenmesi
Gökhan YILDIZ
Karadeniz Technical University, Faculty of Medicine, Department of Medical Biology, Trabzon, TURKEY
Anahtar Kelimeler: Biyobilişim, biyobelirteçler, hepatoselüler kanser, sağkalım, transkripsiyonel şebekeler

Amaç: Hepatoselüler kanser (HSK), en sık görülen ve sağkalım oranı düşük olan bir kanser tipidir. HSK’ya özgü bilinen prognostik biyobelirteçler hastalığın seyrinin izleminde yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle, hastaların sağkalım sürelerinin tahmininde kullanılabilecek yeni biyobelirteçlerin belirlenmesine ihtiyaç duyulmaktadır.

Gereç ve Yöntem: HSK hastalarının, Kanser Genom Atlası (TCGA) veri tabanındaki yeni nesil DNA, mRNA ve miRNA dizileme verilerinin analizleri cbioportal, OncoLnc ve dbDEMC araçları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Belirlenen yeni biyobelirteç adaylarının yaptıkları entegre moleküler etkileşimler ağı NetworkAnalyst ve MiRNet araçları kullanılarak oluşturulmuştur.

Bulgular: Yeni nesil dizileme veri analizleriyle, HSK’da sıklıkla mutasyona uğrayan ve ekspresyon farklılığı gösteren 11 gen ile iki miRNA’nın ekspreyon örüntüleriyle hasta sağkalım süresinin tahmin edilebildiği belirlenmiştir. Bunlardan bir genin ifadesinin artışının HSK hastalarının kötü prognozuyla doğru orantılı (GPATCH4 P:0.009), dört genin ifadesindeki azalışın (PPARGC1A P:0.000013, PIK3R1 P:0.002, COL18A1 P:0.009 ve A1BG P: 0.01) ise ters orantılı olduğu ilk kez belirlenmiştir. Bu moleküllerin oluşturduğu entegre moleküler etkileşimler ağı da HSK’nın prognozuyla ilişkili yeni düzenleyici molekülleri ve etkileşimleri ortaya çıkarmıştır.

Sonuç: HSK’ya özgü moleküler hedefli yeni tanı ve tedavi uygulamalarının geliştirilmesine fayda sağlayabilecek in silico veriler elde edilmiştir.


[ English ] [ Tam Metin ] [ PDF ]
[ Ana Sayfa | Editörler | Danışma Kurulu | Dergi Hakkında | İçindekiler | Arşiv | Yayın Arama | Yazarlara Bilgi | E-Posta ]