Son 30 yılda moleküler biyolojinin gelişimi çiftlik hayvanlarının seleksiyonu ve genetik ilerlemesi için heyecan verici yaklaşımlar oluşturmuştur. DNA markerleri bireysel tanımlama, ebeveyn tayini ve genetik hastalıkların kontrolünde şimdiden yaygın bir uygulama alanı bulmuştur. Fakat asıl kullanımları genotipik seleksiyon uygulamaları için kantitatif karakter lokuslarının belirlenmesi yönünde olacaktır. Moleküler markerlerin hayvan ıslahı ve genetiğindeki uygulama alanlarını pratik veya kısa dönem ve uzun dönem olmak üzere iki ana başlık altında toplamak mümkündür. Pratik veya kısa dönem uygulama alanları bireysel tanımlama, ebeveyn tayini, genetik hastalıkların kontrolü, genetik uzaklığın tahmini, implantasyon öncesi yavru cinsiyetinin ve ikizliğin belirlenmesidir. Uzun dönem uygulama alanları genom haritalarının oluşturulması, kantitatif karakter lokuslarının belirlenmesi, marker destekli seleksiyon, genetik çeşitlilik ve genetik kaynaklarının korunması çalışmalarıdır.