Irk içi ıslah uygulamaları, Chihuahua ırkının genetik çeşitliliğini etkilemekte, genetik hastalık taşıyıcısı alellerin homozigotluğunu artırmakta ve bu ırkı belirli kalıtsal hastalıklara yatkın hale getirmektedir. Genetik hastalıkların tespitinde altın standart olarak kabul edilen DNA dizileme teknikleri, maliyeti ve teknik gereksinimleri nedeniyle rutin veteriner hekimliği uygulamalarında yaygın kullanım imkanı bulamamaktadır. Bu çalışmada, Chihuahua ırkında Mendelyen genetik bozuklukların taranması amacıyla kapsamlı, ucuz ve uygulanabilir Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP) tarama setleri geliştirilmiştir. Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA) veritabanı ve referans genomik diziler kullanılarak; iktiyozis (ALOXE3 ve SDR9C7), epidermolitik hiperkeratoz (KRT10), Ehlers-Danlos sendromu (COL5A2), verrüköz epidermal keratinositik nevus (NSDHL), methemoglobinemi (CYB5R3), Alexander hastalığı (GFAP), progresif rod-koni dejenerasyonu (PRCD) ve spinal disrafizm (NKX2-8) olmak üzere sekiz genetik bozuklukla ilişkili dokuz genetik varyant için spesifik primer-enzim setleri tasarlanmıştır. Öngörülen elektroforez profilleri, seçilen enzimlerin; homozigot yabanıl tip (wild-type), heterozigot ve homozigot mutant genotiplerin net bir şekilde ayırt edilmesine olanak tanıyan belirgin kesim bantları oluşturduğunu doğrulamıştır. Bu protokoller, taşıyıcıların ve hastalıktan etkilenen bireylerin tanımlanmasında, dizileme yöntemine kıyasla güçlü, hızlı ve ekonomik bir alternatif sunmaktadır. Bu testlerin klinik tanı ve yetiştirme programlarına entegrasyonu, bilinçli ıslah kararlarının alınmasını kolaylaştırmak adına pratik bir araç sağlamaktadır.